DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48091 O=C(O)C1=CCC(=O)C(c2ccc(Oc3cccnc3)cc2)=C1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48092 COc1ccc2c(n1)C=C(c1ccc(Oc3cccnc3)cc1)C(=O)C2 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48093 CCOC(=O)C1N=C2C=CC3CC4C(C(=O)O)=C(O)C=C5OC1=C2C3=C54 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48094 O=c1ncoc2cc3c(cc12)Nc1c(c2ccccc2c2ccccc12)O3 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48095 O=C1c2cc3c(cc2OC1O)Oc1c2ccccc2nc2cccc-3c12 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48096 COc1cc(CCNC(C)=O)cc2c1OCC1C2CC2C(=O)OCCN21 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48097 CC1=Cc2cc3ccc4c5c3c(c2CC1)Oc1cc(O)c(CO)c(c1-5)OC4 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48098 CC1C(=O)Oc2cc(C3=CN=C4C(C(=O)O)=CCC(O)=C34)ccc21 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48099 OC1=Cc2cc3c(O)ccc4c3c(c2CC1)Oc1cc2c(cc1-4)CN=CO2 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48100 O=C(O)CC1N=C2C=C(O)CC3=C4Cc5c(ocnc5=O)C=C4OC1=C23 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48101 Cc1ncc(-c2cc3c(cc2O)Oc2cc(O)cnc2O3)cc1F Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48102 O=c1ncoc2cc3c(cc12)Oc1c(c2ccccc2c2ccccc12)O3 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48103 COc1ccccc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48104 O=C(O)CCc1ccc2cccc3c2c1Oc1cc(O)c(C(=O)O)cc1-3 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48105 O=C1N=Nc2cc3ccccc3cc21 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48091 to 48105 of 73725 items. Total 4915 pages.