DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48136 Oc1cccc(-c2ccc3ccccc3c2)c1 Pocket2Mol 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48137 CN1C(=O)CC=C1c1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48138 c1csc(-c2ccc3ccccc3c2)c1 Pocket2Mol 5L4J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48139 NC1=NNN=C(Nc2cc3c(cn2)C(=O)C2=NCC=C2C3)N1 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48140 CNC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)c1ncncc1C2 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48141 NC1=NCN=C(Nc2cc3c(cn2)C(=O)C2=NCC=C2C3)N1 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48142 CNC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)c1ncnc(C)c1C2 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48143 NC1=NNN=C(Nc2cc3c(cn2)C(=O)C2=NCCC2C3)N1 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48144 CC(=O)NC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)C(=N)C1=CCC=C12 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48145 NC1=CNN=C(Nc2cc3c(cn2)C(=O)C2=NCC=C2C3)N1 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48146 CC(=O)NC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)C(=N)C1CCC=C21 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48147 CNC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)c1ncccc1C2 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48148 CC(=O)NC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)C(=N)C1=C=CC=C12 Pocket2Mol 4CWP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48149 NC1NNN=C(Nc2cc3c(cn2)C(=O)C2=NCC=C2C3)N1 Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48150 NC(=O)NC(=O)Nc1cc2c(cn1)C(=O)C1=NCC=C1C2=O Pocket2Mol 4CWP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48136 to 48150 of 73725 items. Total 4915 pages.