DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48106 O=C1C=C2Oc3cc(O)c(-c4ccccc4)cc3CC2CN1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48107 c1ccccc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48108 CC(=O)Cc1cc2c(c3ccccc13)Oc1cc3c(=O)ncoc3cc1O2 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48109 O=C(O)c1ccc2c(c1O)Oc1c(O)cc(C(=O)O)c(F)c1O2 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48110 O=C(OO)c1cc2cc(-c3ccccc3)oc2cc1O Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48111 CCOC(=O)C1N=c2ccc3c4c2=C1OC1=CC(O)=C(C(=O)O)C(C=3)C=41 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48112 CCOC(=O)C1N=C2C=CC3C=c4c(C(=O)O)c(O)cc5c4=C3C2=C1O5 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48113 Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)Oc2ccccc2C3)cc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48114 O=C(O)c1cc2c(cc1O)Oc1ccc3c(O)c(O)c(O)cc3c1O2 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48115 Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)OC2=CC(N)=NNC2=C3)cc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48116 Cc1cc2c(cc1C(=O)O)Oc1c(ccc3c1CC(C(=O)NO)=N3)O2 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48117 CC(=O)Oc1ccc2c(=O)c3cc(C(=O)NO)ccc3oc2c1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48118 Cc1ccc2c(c1)c(C(=O)O)cc1c(=O)c3cc(C[N+](=O)[O-])ccc3oc12 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48119 COc1cccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48120 O=C(O)C(O)=Cc1cc(O)c2c(c1F)Oc1ccc(C(=O)O)c(O)c1O2 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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