Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
48121	CC1=NN=C2Cc3ccc(O)cc3CC12	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48122	CC1=Cc2cc(C)c3c(c2CC1)Oc1cc(O)c(C(=O)O)cc1C3	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48123	Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)Oc2cc(O)cnc2N3)cc1	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48124	O=c1ncoc2cc3c(cc12)-c1coc(=O)c2cc4ccccc4c(c12)O3	Pocket2Mol	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48125	O=C(O)c1ncc(C=Cc2ccccc2)cc1O	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48126	Cc1cccc(-c2cc3c(cc2O)OC2=CC(N)=NNC2=C3)c1	Pocket2Mol	4KEU	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48127	O=c1cc2c(c[nH]1)Cc1cc(-c3ccccc3)c(O)cc1O2	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48128	Cc1cc(CC(=O)O)cc2oc3cc(O)c(C(=O)O)cc3c(=O)c12	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48129	OC1=NCC2=Cc3cc(-c4ccccc4)c(O)cc3OC2=C1	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48130	Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)Oc2c(O)cccc2O3)cc1	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48131	Cc1cc2c(=O)c3cc(C(=O)O)ccc3oc2c2cc(C(=O)O)c(O)cc12	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48132	Cc1ccc(C2=C(O)C=C3Oc4c(ccc(O)c4O)CC3C2)cc1	Pocket2Mol	4KEU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48133	Cc1ccc(O)c(-c2ccc3sccc3c2)c1	Pocket2Mol	5L4J	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48134	COc1ccc2oc3ccccc3c(=O)c2c1	Pocket2Mol	5L4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
48135	O=C(c1ccc2ccccc2c1)N1CC=CC1	Pocket2Mol	5L4J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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