DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48031 O=C1C=C2Oc3cc(O)c(-c4ccccc4)cc3C=C2CN1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48032 COc1cccc(C)c1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48033 O=C1CCc2c(cc3cccc4c3c2Oc2cc(O)c(C(=O)O)cc2-4)C1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48034 O=C(O)Cc1ccc2c(O)ccc3c2c1Oc1cc(O)c(C(=O)O)cc1-3 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48035 Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)Oc2cc(O)cnc2O3)cn1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48036 O=C(O)c1ccc2oc3c(cc(F)c4cc(O)c(C(=O)O)cc43)c(=O)c2c1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48037 O=C(O)C1=C(O)C=C2Oc3c4ccc(O)cc4cc4ccc5c(c34)=C2C1C=5 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48038 CC1CCc2cc3cccc4c3c(c2C1)Oc1cc(O)c(C(=O)O)cc1-4 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48039 O=C(O)c1ccc2c3c(ccnc13)-c1ccc(OC(F)(F)F)cc1O2 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48040 CC(=O)Oc1ccc2c(c1)Oc1ccc(C(=O)NO)cc1C2O Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48041 O=C(O)c1ccc2oc3c(cc(F)c4ccccc43)c(=O)c2c1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48042 COC1=C2C(c3ccc4cc(C(F)(F)F)oc4c3)=CN=C2C(C(=O)O)NC1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48043 O=C(O)c1c(O)cc2c3c1=CC1C=Cc4nc5c(c(c4C=31)O2)CC=C(O)C5 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48044 COC(=O)C1=Nc2ccc3c(c2C1)Oc1cc(C(=O)O)c(C)cc1O3 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48045 O=C1CCC(C(=O)O)C=C1c1ccc(Oc2cccnc2)cc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48031 to 48045 of 73725 items. Total 4915 pages.