Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
59566	CC1CC2NC3=NC4=NC=C(CCNC5CN5C5OC(CO)C(O)C5O)C4CN3CC2CN1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59567	NC1=N[C]2NCCC2CN1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59568	CO[C@@H](C=C[C@@H]1NC2=NC3=NC=C(C=CNC4=CN4C(=O)[C@H]4C=N4)[C@@H]3CN2C[C@@H]1C)CC=CO	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59569	COC1CN1c1ccc(N2CC2C2=CN=C3N=C4NC(CCC5CO5)C(C)CN4CC23)cc1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59570	CO[C@@H](C=C[C@@H]1NC2=NC3=NC=C(C=CNC4=CN4C(=O)[C@H]4C=N4)[C@@H]3CN2C[C@@H]1C)[C@@H]1CO1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59571	NC1=C(C2CCN=C3NCCOC32)CN(c2ccccc2)C=N1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59572	COc1cccc(N2C=NC(N)=C3C4CCC(NC(C)=O)C4NCC32)c1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59573	CC1CN2CC3C(C(N)NC45[CH]C=CC=C4C5)=CN=C3N=C2NC1CCC1CO1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59574	COc1cccc(N2C=NC(N)=C(C3CCC(Nc4ccc5c(c4O)OCCO5)C3)C2C)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59575	COCCC=C[C@@H]1NC2=NC3=NC=C([C@H](N)N[C@@]45[CH]C=CC=C4C5)[C@@H]3CN2C[C@@H]1C	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59576	COc1cccc(N2CC(c3ccc(O)c(O)c3)CNC2=O)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59577	CC(C)N1CC=C(C2CN=C3NCNC4(NC5CC5C5C(O)N54)C32)C=N1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59578	COc1cccc(N2C=NC(N)=C(C3CCC(NC(C)=O)C3)C2C)c1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59579	COc1cccc(N2CNC(N)=C(C3CCC(O)CC3)C2=O)c1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59580	COc1cccc(N2CC(c3ccc(O)c(OC)c3)CNC2=O)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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