Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
59596	COc1cccc(N2CNC(N)=C(C3CCC(Nc4cccc(OC)c4O)C3)C2=O)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59597	COc1cccc(N2C=NC(N)=C(C3CCC(OP(=O)(O)O)C3)C2C)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59598	[CH]1C=C(C2CN=C3N=C4NCCN4CC32)C=C2C3OCCOC123	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59599	NC1=C2C(=O)N(c3ccc(O)cc3)CNC2N(CC2CCCO2)C=N1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59600	CC1C2C3NC4=NC5=NC=C(CCNC6CN6C6OC(CO)C(O)C6O)C5CN4CC3CN12	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59601	O=C1C2C(C3=CN=C4Nc5cccn5CC34)=CC=NN2C2CC(CCC3CCCCC3)CN12	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59602	CC1CN2CC3C(C(N)NC45[CH]C=CC=C4C5)=CN=C3N=C2NC1CCCC1CCC2OC2O1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59603	CC(O)C(C=O)OC(CO)N1CC=C(c2c3c(n4c2C4)N=CNC3NC2CC23CC3)C=N1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59604	CC1CN2CC3C(C(N)NC45[CH]C=CC=C4C5)=CN=C3N=C2NC1CCCC1C2CCCCN21	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59605	CC1CC2NC3=NC4=NC=C(CCNC5C6CCOC(C(O)CO)N65)C4CN3CC2CN1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59606	C1=NC2=NNCC3C2C(=N1)NC1CC13	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59607	Oc1ccc(N2C[C@H]2NC=CC2=CN=C3N=C4N[C@@H]5[C@H](CN4C[C@@H]23)CN2[C@H]([C@@H]3CO3)[C@@H]52)cc1O	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59608	O=C1NCC(c2ccc(O)cc2)CN1c1ccccc1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59609	CCCNc1ncnc2c1C(C=CN1C=CC=CN1)=CNCN2	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59610	COc1cccnc1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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