Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
59581	COCCCC1=NC2=NC3=NCC(C4=C[CH]C56OCCOC5C6=C4)C3CN2CC1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59582	COCCC1C2C3NC4=NC5=NC=C(CCNC6CN6CC(C)(C)O)C5CN4CC3CN12	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59583	CO[C@H](C=C[C@@H]1NC2=NC3=NC=C([C@H](N)N[C@@]45[CH]C=CC=C4C5)[C@@H]3CN2C[C@@H]1C)[C@H]1CO1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59584	COc1cccc(N2C=NC(N)=C(C3CCC(Nc4cccc(OC)c4O)C3)C2C)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59585	CC1CC2NC3=NC4=NC=C(CCNC5C6CC(CO)OC(C(O)CO)N65)C4CN3CC2CN1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59586	COc1cc2ccc1OCCCCOCC1CC(C)NC3=NC4=NCC2C4CN31	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59587	O=C([C@H]1C=N1)N1C=C1NC=CC1=CN=C2N=C3N[C@@H]4[C@@H](CN[C@H]4C[C@H]4COCCO4)CN3C[C@@H]12	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59588	C[C@H]1CN2C[C@H]3C([C@@H]4CN4c4ccc(N[C@H]5CO5)cc4)=CN=C3N=C2N[C@H]1C=C[C@@H]1CO1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59589	COc1cccc(N2CC(c3ccc(O)cc3)CNC2=O)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59590	CCN(C=C[C@H]1CN=C2N=C3NCCCN3C[C@H]21)N[C@@H]1[C@H]2C=C[C@@H]3CN3[C@@H]21	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59591	NC1=NCCC(N2C3CC(O)CC32)N1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59592	COC1CC1(O)CC1NC2=NC3=NC=C(C4CN4C4=CC=C[CH]C4(N)O)C3CN2CC1C	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59593	[CH]1C=C(C2CN=C3N=C4N(CC32)CC2CN42)C=C2C3OCCOC123	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59594	CCCNc1ncnc2c1C(CCn1cccn1)=CNCN2	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59595	OCCN1c2cc3c(cc21)C1CN2C(=NC1=N3)NC1CC12	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

59581 to 59595 of 73725 items. Total 4915 pages.