Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
59611	O=CCN(C=C[C@H]1CN=C2N=C3NCCCN3C[C@H]21)N[C@@H]1[C@H]2C=C[C@@H]3CN3[C@@H]21	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59612	NC1=C(c2ccnc3c2OCC3)CN(c2ccccc2)C=N1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59613	CO[C@@H](C=C[C@@H]1NC2=NC3=NC=C(C=CNC4=CN4C(=O)[C@H]4C=N4)[C@@H]3CN2C[C@@H]1C)CCCO	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59614	COc1cccc(N2CNC(N)=C(C3CC=C(O)CC3)C2=O)c1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59615	CNC(=O)Nc1ccc(N2CC2C2=CN=C3N=C4NC(CCC5CO5)C(C)CN4CC23)cc1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59616	[CH]1C=C(C2CN=C3N=C4N=C(CC5COCO5)CCN4CC32)C=C2C3OCCOC123	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59617	C[C@H]1CN2C[C@H]3C(C=CNC4=CN4C(=O)[C@H]4C=N4)=CN=C3N=C2N[C@H]1C=C[C@H]1COCCO1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59618	COC(CO)CCC1=NC2=NC3=NCC(C4=C[CH]C56OCCOC5C6=C4)C3CN2CC1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59619	O=C1NCC(c2ccc(O)cc2)CN1c1cccc(O)c1	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59620	COc1cccc(N2C=NC(N)=C3C2=NCCC3C)c1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59621	[CH]1C=C(C2CN=C3N=C4N=C(CCC56OCCC5O6)CCN4CC32)C=C2C3OCCOC123	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59622	COC(C)C1CCC2NC3=NCC(CCn4cc(C(N)=O)nn4)C3CN21	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59623	C1=C(c2ccnn3cccc23)C2Cn3cccc3NC2=N1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59624	[CH]1C=C(C2CN=C3N=C4N=C(CCC5CO5)CCN4CC32)C=C2C3OCCOC123	SBDD	4YHJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
59625	NC(=O)c1cn(CCC2CN=C3NC4CCC5CCC(C32)N54)nn1	SBDD	4YHJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

59611 to 59625 of 73725 items. Total 4915 pages.