Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63286	c1cnn(CC2CO2)c1	SBDD	5OM2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63287	C1=C(N2CC2)C=c2c1nc1cccn21	SBDD	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63288	CN1C=CC=C2C1=NCn1c2cc2c1O2	SBDD	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63289	C1CC2CCCC3NNC(C1)C23	SBDD	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63290	OCCN1CC2CCCCC2N1	SBDD	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63291	CC(O)c1nc2cccnc2n1C	SBDD	5OM2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63292	OC[C@@H]1CCCCC1=Nc1nc2ccccc2c2cnncc12	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63293	NC1=C2C=CC3C=CC=c4ncc(c2c43)=NN1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63294	CC1=C2CN(C)C=C2NN1C	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63295	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CCC(C3=CCC(C)(C)NC3)NC=21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63296	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CC34CC(=O)n5cccc5C3N4C=21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63297	Cn1n2n1-c1cnc3cccc4c3c1C(=C1N=CC=CN14)C2	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63298	CNC(=O)CC1CC1n1nnc2c1C2Cn1cnc2c3ccccc3ccc21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63299	CN1C(Cc2ccc(CN3CC3)o2)=C2CN=C3NC3C2=C2C=CC=CC21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63300	C1=C2C3=C(c4ccccc4N2[C]2OC12Cc1ccncn1)C1NC1=NC3	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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