Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63316	c1ccc2c(c1)ccc1c2ncn1C1CC1c1cn2cccc2cn1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63317	C1=CN2C(=C3CNCNc4cnc5cccc2c5c43)N=C1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63318	N=Cc1ccc2cccc(N)c2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63319	CN1C2=C(C(=O)NC2)c2ccnc3cccc1c23	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63320	Oc1ccc2ccc3cnnc4cnc1c2c34	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63321	CNC(=O)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63322	C1=CC2CN=C3NCCCC3C2NC1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63323	c1ccc2cc(CN=C3CCCNC3)ccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63324	C1=C(CCN2CCOCC2)OCN2C1=C(C1CO1)c1ccnc3cccc2c13	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63325	CC(C)n1nnc2c1C2Cn1cnc2c3ccccc3ccc21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63326	OCC1CC=C=C2C3CN=C4NC4C3c3ccccc3N2CO1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63327	NCCC1CC2=C3CNC4=NC4C3=C3C=CC=CC3N2C1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63328	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CCC(C3=CC=C4CN4C3)=NC=21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63329	O=C(c1ccc2ccccc2c1)N1C2CCNCC21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63330	C1=CC2=C3C(=C4C=C(Cc5ccncn5)OCN4C2C=C1)CN=C1NC13	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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