Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63346	CN1C=C2c3c4c(ncc3=N1)=CC=C[C@@H]4N(C)[C@@H]2NC=CC=CNC=N	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63347	CN1C=CC2NC3C4=C5CN=C6NC6C5=C5C=CC=CC5N4NC3CC21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63348	NC(=O)C1=C2C=C(CCN3CCOCC3)OCN2c2cccc3nccc1c23	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63349	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CC34CCCCC3N4C=21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63350	CN(C)CC1CC2CN2C2=C(C(=N)N)C3=C4C(=CC=CC4N2CO1)OCC3=N	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63351	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CCC(C3CNC4OC4C3)=NC=21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63352	CC(C)NC1CC(n2cnc3c4ccccc4ccc32)C2CC12	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63353	NC12NC=CC=C1CCCN2	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63354	CC1C=NC2CCN3C(=c4cnnc5c4=C4C(=CC=CC43)OC5)N3CC3C12	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63355	CC1N=NCC2CCCCC21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63356	C1=C2NCN=C3NCCC(CC1)C23	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63357	C1CC2CNNCC2C1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63358	CC12CN1C(CC13C=C4C5=C(c6ccccc6N4[C]1O3)C1NC1=NC5)C=C[N]2	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63359	N=CC=CC=NC(=O)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63360	C1=CC2=CC=CC3=CN=NC(=C1)C23	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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