Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63331	CC1=NCC=C(C=CC2=CC3=C4CN=C5N[C@@H]5C4=C4C=CC=C[C@@H]4N3C=N2)N1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63332	C1=CC2=C3C(=C4N=C(C5=CN=CC5)C=CN4C2C=C1)CNC1=NC13	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63333	C1=NC2=c3ccccc3=CCC2=N1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63334	CN(C)CC=NC(=O)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63335	Cc1nncc2c1=C1C=CC=C[C@@H]1N(C)C=2NCC=C[C@H](C)N(C)C(C)C	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63336	Nc1nn2c(c3nccc1-3)C2	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63337	C1=CC2C3=c4c(nncc4=C4C5NCCOC5CN42)COC3=C1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63338	CNC(=O)c1ccc2cccc(N)c2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63339	CC(=O)N1C=C2NNC(C)(N)[C]2C1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63340	N#Cc1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63341	CN1C2CCC(CNC3=CN=C4NCCC4C3)C21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63342	c1cc2nccc3c2c(n1)NCC3	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63343	CCCC=NC(=O)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63344	CC1C=NC2/C=C\N3C(=c4cnnc5c4=C4C(=CC=CC43)OC5)N3CC3C12	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63345	C=C(C(C)CO)C1C2NC3=NNC4COc5cccc6nc(c3c4c56)N21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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