Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63361	C=C(C(C)CO)C1C2NC3=NNC4COC5=CC=CC6C5=C4C3=C(N6C)N21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63362	CC(=N)C1=C2C=CC=CC2N2COC(CN(C)C)CC3CN3C2=C1C(=N)N	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63363	c1ccc2c(c1)ccc1cnncc12	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63364	O=C(N=C1C[C@H]1NC1CC1)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63365	Cc1nncc2c1=C1C=CC=CC1N1CCC(C3CNC4OC4C3)NC=21	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63366	c1cc2c3c(c1)N1CCC(C4CCC5CN5C4)n4cc5nnc(c-3c5c41)CO2	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63367	CCN1C=C2NNC(C)(N)[C]2C1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63368	CN(C)CC1CC2CN2C2=C(C(=N)N)C3=C4C(=CC=CC4N2CO1)NNC3=N	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63369	O=Cc1cccc2ccccc12	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63370	O=CC1CC=C=C2C3CN=C4NC4C3c3ccccc3N2CO1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63371	CCCC(C)NC(=O)c1ccc2ccccc2c1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63372	C1CN=C2NCCC(C3CN3)C2C1	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63373	c1ccc2c(c1)ccc1c2ncn1C1CCC2CC21	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63374	c1cc2ccc3cnnc4cnc(c1)c2c34	SBDD	4IWQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63375	[CH]1N2C(=CC13OC3C1CC1)C1=C(c3ccccc32)C2NC2=NC1	SBDD	4IWQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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