DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63706 CN1CC(c2ccncc2)=CC=C1OC=C(O)[C@H](O)C[C@@H]1O[C@H]1O SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63707 Nc1cc(C23CC2N(C24COCC2O4)C(=O)C3CCO)ncn1 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63708 O=C(CO)n1cc2c3c1NCN=C3NCCNC2 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63709 Cc1ncnc2c1c(CCCO)cn2C(C)CO SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63710 OCC1=C(CO)N2NC=C3C4=C(CCNC3O)N=CN1C42 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63711 OC1NCCC2=C3C1=CNN1C=CN(C=N2)C31 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63712 CC(C)C(=O)NCCNC1CC23OC2(Nc2cccc4c2N3C(N)N4)C1O SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63713 CC(N)CC(O)C1OC1NCC(O)C12Nc3cccc4c3N(C(N)N4)C1O2 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63714 N[C@H]1Nc2cccc3c2N1[C@H]1O[C@@]1([C@H](O)C=NC(CO)CO)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63715 OCC(O)CO SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63716 COC(=O)C(=O)N=C[C@@H](O)[C@]12Nc3cccc4c3N([C@@H](N)N4)[C@H]1O2 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63717 NC1=C2C3=C(OC4OC(CO)CCC4C3)N3C=CN(C=N1)C23 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63718 NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CNCCNC(=O)C(O)CO)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63719 NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CNCCNC(O)C(O)CO)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63720 NCc1cn(C=O)c2ncnc(N)c12 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

63706 to 63720 of 73725 items. Total 4915 pages.