Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63721	CC(=O)n1cc2c3c1NCN=C3NCCNC2	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63722	CC(O)C12Nc3cccc4c3N(C(N)N4)C1O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63723	O=C1NC2=NCNc3c2c(cn3C2(CO)CO2)CNCC1O	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63724	COC(=O)C1C2=C1N1CC=NC3=CC=CC(=N2)C31	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63725	OCC1OCC(O)C(O)C1O	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63726	O=C(O)C1C2=C1N1CC=NC3=CC=CC(=N2)C31	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63727	Nc1ncnc2c1c(C=CCO)cn2C=O	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63728	O=C1OC(CO)C(O)C(O)C1O	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63729	O=C1NC2=CC=CC3=NC4=C(C4)N1C23	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63730	CCn1cc(C=C[C@@H](C)O)c2c(N)ncnc21	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63731	NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)C(CO)N1CC1C(=O)O)N3	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63732	CC(=O)NCC(O)C12Nc3cccc4c3N(C(N)N4)C1O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63733	N[C@H]1Nc2cccc3c2N1[C@H]1O[C@@]1([C@H](O)C=NC=C=O)N3	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63734	Cc1nc2ccccc2n1C#CNC(C)(C)CO	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63735	NC1Nc2cccc3c2N1C12CC(NCC(O)O)C(O)C1(N3)O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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