DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63751 C=COC(=O)C(=O)N=C[C@@H](O)[C@]12Nc3cccc4c3N([C@@H](N)N4)[C@H]1O2 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63752 NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CN(CO)CCO)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63753 NC1Nc2cccc3c2N1C12CC(NCC(=O)O)C(O)C1(N3)O2 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63754 NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CN1CC1C(O)CO)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63755 NC1Nc2cccc3c2N1C12CC(NCCNC(=O)C4CC4)C(O)C1(N3)O2 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63756 CC1C(O)C(C2=CN3C=CN4C=NC=C2C43)C2C(O)C12O SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63757 C[C@H](N=C[C@@H](O)[C@]12Nc3cccc4c3N([C@@H](N)N4)[C@H]1O2)[C@H](O)N[C@@H]1C[C@H]1N SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63758 CN1CC(c2ccncc2)=CC=C1OC=C(O)[C@H](O)C[C@@H](O)C=O SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63759 O=C(CO)C(O)CO SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63760 NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)C1=NC2C(O)C2CC1)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63761 O=CC(O)C(O)CO SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63762 O=CC1OC2OC2C(O)C1O SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63763 CCOCCO SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63764 N[C@H]1Nc2cccc3c2N1[C@H]1O[C@@]1([C@H](O)C=NC[C@@H]1CCCC(=O)N1)N3 SBDD 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63765 CC(=O)n1cc2c3c(ncnc31)/N=C\CNC2 SBDD 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

63751 to 63765 of 73725 items. Total 4915 pages.