Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63766	OCC(O)C1OC1(O)CO	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63767	NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CNCCN1CC1O)N3	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63768	CC(=O)NCCNCC(O)C12Nc3cccc4c3N(C(N)N4)C1O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63769	C1=CC2=NC3=C(C3)N3CC=NC(=C1)C23	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63770	CC1OC(CO)=Cc2c3c4c(n21)NCN=C4NCCCNC3	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63771	Cc1nc2ccccc2n1C#CNC(C=O)CO	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63772	NC1Nc2cccc3c2N1C12CC(NCCO)C(O)C1(N3)O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63773	CC(O)CC(O)CC1=CN2C=CN3C=NC=C1C32	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63774	COC[C@@H](O)[C@H](O)C(=O)N=C[C@@H](O)[C@]12Nc3cccc4c3N([C@@H](N)N4)[C@H]1O2	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63775	COC(C=O)C(O)CO	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63776	NC1Nc2cccc3c2N1C1OC1(C(O)CNC1CCNC(=O)C1)N3	SBDD	4IIY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63777	OCCOCC(O)CO	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63778	CNCc1cn(C2OC(C)C(O)C2O)c2ncnc(N)c12	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63779	NC(=O)n1cc2c3c1NCN=C3/N=C\CNC2	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63780	OCC(O)C(O)C(O)CO	SBDD	4IIY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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