DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64381 CC1=CC2=C3C=C(C1)/N=C\NNCNN3C1CC(C)(C)C(C)N21 TargetDiff 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64382 CCCCC1CCC(C)C2OC(CO)CC2C1=O TargetDiff 5MG2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64383 N=C1C(N2CCCC2CO)CCN1C/C1=C/CC=C=C2C(=O)C3=CC=CCC3=C2N1 TargetDiff 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64384 COC1C(OC2CCNCC2NC2CC3=C(NCN3)S2)=NNC2(CCCC2)C1C TargetDiff 5MG2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64385 C[C@@H]1[C@H](CCC[C@H](N=CCOCCO)c2ccccc2)CCC2=CC(O)=CC=C[C@H]2[C@]1(C)O TargetDiff 5MG2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64386 O=C(O)CNCCNC1CCCN/C=C2/NC3CC(C(=O)O)CCOC3CC21 TargetDiff 5MG2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64387 CC1C=C2C(O)C(C)CC(O)C(C)C2C=C2NNS([O])([O])C21 TargetDiff 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64388 CCCC1C2=CC(C(N)=O)C=CC2N2N=CC=CC2=C1O TargetDiff 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64389 CC1CCC(NCCN)C1 TargetDiff 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64390 CC1OCOC2C=CN=CC(=C2)C2CC/C(=N/NCC1=O)O2 TargetDiff 5MG2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64391 CNC(=O)C1CC(C2=C(O)C(C)C(C)=CC2)NC(=O)N1 TargetDiff 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64392 Oc1ccc(C2C3=C(CCO3)C(Cl)c3cccnc32)cc1 TargetDiff 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64393 CC(O)C1C=C2C=CC=CC(NC3=CC=CCC4=NC(=N)N=C34)C2N=C1C(O)CO TargetDiff 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64394 O=C(O)c1c(Cl)c(Cl)cc2ccc(=O)oc12 TargetDiff 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64395 CCN1C2=CC=CC3C4=CNCN=C4N(C)C4=C=C(C5=C1N=CC=NC5N=N4)C23 TargetDiff 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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