DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64351 CCOC1OC(C)C(O)C(O)C1N TargetDiff 5A6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64352 NC(=O)Nc1cccc(N([O])[O])c1.O=C(O)O.O=CC(=O)O TargetDiff 5A6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64353 NO.O=C(O)CC(O)CCO TargetDiff 5A6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64354 NC(=O)C(O)C(O)C1CCCCC1.O=C(O)CCO TargetDiff 5A6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64355 CC1=C2CC3NCCC3C2NC1CC1=CCCC(C)C1 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64356 CC1CC(O)CCOC2=C3C(CC2C1)CC1C(C=O)C2C(C)CCC2C31 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64357 CCCC1N=C(NC2CN(C3CC4=CCCC(=O)C4C3)CO2)CO1 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64358 CCS([O])([O])C=C1C=C(C)C(O)=C2NCCCCC[C@H]12 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64359 Cc1cccc2c1NC(CO)CS([O])([O])N1C(O2)C(O)C2CC(C)OC(C)C21 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64360 CC(=O)C1=CC2=C(NC(=O)C3CCO3)CCC2C(C)=C1 TargetDiff 4RVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64361 c1cnc2ncc(CC3CCNC3)cc2c1 TargetDiff 4RVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64362 O=C1CC2=C(C1)NC(NC(=O)C1=C(CO)CCC1)C2 TargetDiff 4RVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64363 C=C(F)F.C=CF.CO.OC1CC(O)(O)C2OCCNC12O TargetDiff 4CSD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64364 CC(=O)C(O)C(O)O TargetDiff 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64365 OC1C2C(CC1N1CCCOC1)C(O)C1(O)C(O)OC(c3ccccc3)C21 TargetDiff 4CSD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64351 to 64365 of 73725 items. Total 4915 pages.