Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64336	CC(=O)NC1CN(C(C)C(O)COC2OC(C(O)C(C)C(=O)O)OC2C(=O)O)C2CC3CCCC3=C12	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64337	COC1CCCCC1NC(CC(O)C(O)C1=NC(=O)C(O)(C(O)C(O)C(=O)O)CO1)C(=O)O	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64338	CC1C=CC2C(=C1)C(CC(F)(F)F)C(=O)C2CN1CCC(C(=O)N(CC(=O)OP(=O)(O)O)OC(=O)C(O)C(C)O)C(O)C(O)C1=O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64339	CCCC(CC)NC(=O)OC(C(=O)O)C1CC2C(O)C(C(=O)NC(=O)O)C2C1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64340	CN1C2=C(CCC=C2)CC1C(=O)NC(CC1C=CC(OP(=O)(O)O)C=C1)P(=O)(O)O	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64341	CC1CCC2C1=C1CCN1C(=O)C2C1(O)CC(O)C1SC(OCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(C)O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64342	Cc1nc(CO)nc2c1CCC2(O)CC(CCOC(=C=C(C(=O)OP(=O)(O)O)C(O)CO)OC(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64343	CCNOc1c(CN)ccc(NC(O)(CN2C=CC(C(=O)S(O)(O)O)C=C2F)C(=O)O)c1C=O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64344	O=C(CCC1CCC2(O)C(O)C(O)=C(C3C(=O)C(CO)CC(O)C3O)C2O1)NC(=O)C(=O)O	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64345	CC(C)C(N)CC(O)C(O)C(=O)C(N)C(=O)NC1=C2CC=CC=C2CC1	TargetDiff	5A6X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64346	O=C(O)C1C(OC2CCCC2)=CC2CCCOC2C1O	TargetDiff	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64347	N=C1NS([O])([O])C(CCN)C1N	TargetDiff	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64348	OCC(O)C(O)CCC1C=CCC=C1	TargetDiff	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64349	CC(=O)CN/C1=N/C(=O)C(O)C(O)C(=O)N(CN)C1.O=C=O	TargetDiff	5A6X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64350	O=[P](O)CP(=O)(O)O	TargetDiff	5A6X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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