Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64306	O=CC(CO)(C(O)COC(CC(=O)O)C1CC(O)C(CC(=O)O)C1O)C1C(O)C(O)C(O)(C2CC(=O)C(F)C2)C1S	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64307	COC1=CC(C(F)(F)F)C=C(OC(=O)NCCC(O)(CC(C)N2C(=O)C(O)(OP(=O)(O)O)C(O)C2(O)O)C(C)O)C1O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64308	O=C(O)C1C=C(C2=CC3=C=C(CC2CO)C(O)C(O)NC(=O)C2(N3)C(=O)C(C(=O)F)c3ccc(F)cc32)C(O)C(C(=O)O)C1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64309	COC(=O)N1C(=O)C(COC(C(=O)OO)C(O)(OCO)C2CC(O)(O)C(O)(COP(=O)(O)O)C2OO)OC2=C1CCCCC2	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64310	Cc1ccccc1CC(=O)OC(CC(O)C(CCC(O)C(C)(O)O)CC(=O)O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64311	CC1CCCC=C1C(C(N)=O)C(=O)NC(=O)C(O)C(O)CC(O)C(O)C(CO)OP(=O)(O)O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64312	Cc1ccc(C2OC(COP(=O)(O)C(O)C(=O)O)CCC2O)c(C=N)c1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64313	CC1CCC2C1CC(C)C1(CO)C(O)C(C)C(C(O)C(O)(C(=O)O)C(O)CN(C(=O)O)C(CO)COP(=O)(O)O)CC21	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64314	CC(C)C(C)C1CCCCC(C(O)C(O)C(C)OC2(O)C(O)C(O)C(O)C23CCC2=C(O)CCC(P(=O)(O)O)CC2C3O)O1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64315	CCC(O)C1CC(O)C2(O)OC(CC(O)C(O)CCOP(=O)(O)O)C(=O)OC12	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64316	CC1CCC2CCC3C2C1C(C)C1C2C(O)C(O)C(C)C4(O)CC5CCC(O)C6=C(C(O)C(C(=O)O)C6O)C5CC(C24)C1(C)C3O	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64317	CCNc1cc(Cl)ccc1C(O)(O)C(CCCCC(CC(=O)O)CC(O)(CO)COP(=O)(O)O)S(=O)O	TargetDiff	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64318	CCCC1=CC2=NOC(O)(C(O)C(O)C(=O)N(C)C(=O)CNC(=O)O)CC(=O)C2C=C1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64319	CC1=C2C(=O)C(NCC3C=C(C(NCC(=O)O)C(=O)O)C(O)=C(CCC(=O)O)C3C)CC2C(F)=CC1	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64320	CCN(C(=O)CC1CC(C(=O)O)CC(=O)N1)C(=O)C(=O)Oc1ccc(OC)cc1Cl	TargetDiff	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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