Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64246	NC1=C2CCC(=O)C2=CC2=NCN=CC21	TargetDiff	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64247	CC1CC(O)C2=C1C=NC1N=CC=C3CC2C31	TargetDiff	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64248	O=C1NCC2SCC2=C=C2CC=C(F)C(O)=C12	TargetDiff	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64249	N=C1C=C2CCCC(O)C2C(=O)C1	TargetDiff	5II2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64250	O=C1NCCNCC(c2ccc(O)cc2)CC=C=C(F)C1O	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64251	O=C(O)C1=CC=C(F)C=CC1NS(O)(O)O	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64252	NC1=C2C(CCCC1(N)O)c1ccc(C(=O)O)cc1OS2(O)O	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64253	O=C1CCCC2C1C(O)(CO)CCCC2S(O)(O)O	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64254	CC(O)CC(OC(=O)O)N(O)C1=C(S(N)([O])[O])CCC1C(=O)OC1CCC2CC1C2	TargetDiff	4Z0Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64255	CC(O)=c1cc2c3c(c1)NC(=NO)[C@@H]1Oc4c(O)ccc(c4C=31)C2	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64256	NCNCC1=C(C(=O)O)C(C(F)F)C=C(F)C1F	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64257	CC(C(C)(O)O)C1(O)CCC(C(=O)NO)C(O)C(N)C1	TargetDiff	4Z0Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64258	CCC(C)n1c(=O)n2c3c1c(C)nc(=O)n3NC1C2CCS1([O])[O]	TargetDiff	4Z0Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64259	O=C(O)NC1=CC(O)=C(O)C=C(F)C1S(O)(O)O	TargetDiff	4Z0Q	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64260	C[C@@H]1C=CN2C(=C1)[C@](C)(N=C1CCC[C@](O)(F)C[C@H]3CC(=O)CN13)C[C@@H](F)C2F	TargetDiff	5OS8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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