DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64231 CC1=NC2C3CCC4CCCC(O)(N2NC1=O)N43 TargetDiff 5O87 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64232 COCC1=CC2C(C=C1)C(C)(C)NC(=O)C1C(Nc3ccccc3)CC(O)N21 TargetDiff 6E7U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64233 COCCC1CN(c2ccc(OC)cc2)C2CCCC2CC(N2CCC(CO)C2=O)C1C TargetDiff 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64234 NCNCCCNC(=O)N1ON(C2=CCC3=C(C=C2)CNN3)C(=O)/[C]=C/CC=C=Cc2cccc(c2)OCC2=CCOCC21 TargetDiff 6E7U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64235 [CH]=[S]C1C#CC(F)/C=C\C(O)C(c2ccc(O)cc2)NC2C=C(CC(C)C)C1C(OC)C2 TargetDiff 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64236 COCC1(Cc2ccccc2)NC(O)(C2=C(O)CO2)C2CC=C(Cl)C=C2c2c(Cl)cccc21 TargetDiff 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64237 CCOOC(C)C(O)C(CC(C(=O)NCC1=C(C)CCC1)C(O)C1=C=c2ccc(Cl)c/c2=C/C=C\C1)NO TargetDiff 6E7U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64238 NCCOC(C1C=CC=CC(OCC(=O)O)=C1)N1C(=O)NNC2=C3CC=CCC3SC21 TargetDiff 6E7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64239 CC1CNC1.COC(=O)CC1CCC(O)C1C(C(=N)NO)c1cccc(F)c1 TargetDiff 6E7U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64240 CCc1cc2c(c(C(O)(CCCN)C(Cc3ccccc3)C(OP([O])[O])C(=O)O)c1)OC1CCCC21 TargetDiff 6E7U ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64241 CC=NC1=Nc2ccc3c4c2C2=C5[C@H](CC(=O)N4NN3)C(=NC(F)F)[C@H](F)C(=O)N5CC12 TargetDiff 5II2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64242 O=C1C2C(=C3CC4CCC5C=C(O)C(C2O)C3C54)CN1c1ccccc1 TargetDiff 5II2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64243 O=C(O)C1C(Cl)=CCC(F)=C1O TargetDiff 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64244 CC1=C(O)C=C2CC(=O)C3=C2C(=C1O)NCC3 TargetDiff 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64245 CC(=O)c1ccccc1O TargetDiff 5II2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64231 to 64245 of 73725 items. Total 4915 pages.