Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64171	CCC(O)C(O)CC(O)C(O)CCC1(O)CCC1CO	TargetDiff	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64172	CC(O)CC(O)(O)C1CC(O)C(CN)O1	TargetDiff	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64173	CCC1C=C(F)C=CN1C1OC2CC=CCC(=O)N2CC1O	TargetDiff	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64174	CCC1=C(C)N=CC2=C(O)C(O)C3=C(CC(C4CCC(C(F)NCCP(O)O)N4)C=C3)C21	TargetDiff	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64175	CC1CC(=O)C=C=C(C(F)(F)C(=O)F)C(F)C(O)C(C)(C(=O)CCCc2cccc(F)c2)N1	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64176	CCC1(C(C)(C)C2OOC(=O)CC(O)C2(O)OC(C)(C)O)CCCC2C(C)CCC(C)C2CC1	TargetDiff	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64177	CC1CCN(C2=CCC(C(F)OC(F)(F)F)C(C(=O)O)=C2)C1=O	TargetDiff	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64178	CC1CC2CCOC2C1N1CC2CC1CC1C=CCC3=C1C1OC(O)(O2)C(C)C1=CC3[SH](O)(F)(F)F	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64179	CC1CC(NC(=O)C(=O)O)OC(=O)C1C(=O)O.CCC1CCCC(O)C(C)C1	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64180	CC1(C(O)C2C=CCC=C2)CC2CC3=C(C=NC(O)C3O)CC2C1(O)O	TargetDiff	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64181	CC(=O)C1(C)CC(C)CC/C(C(=O)OC2CCC3CCOC3C(=O)C(C(C)(C)CO)C2=O)=C\C1C	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64182	CC1CCC2C(O)C34C(=O)Oc5ccc(C=N)c(c5)NCN(C)CC(=O)C3CC4CC(C)C12O	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64183	C[C@H](CCC(=CC=CS([O])([O])C(=O)NO)CO)C(=O)NOCc1ccccc1	TargetDiff	6GOT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64184	CC(=O)C1CC(O)=CC(C)C1C1Nc2nncc3cccc1c23	TargetDiff	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64185	Cc1cccc2c1OC(NC1=NC=NC3=NC=NC(=N)C31)C2=C(O)CCc1ccccc1	TargetDiff	5IA2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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