DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64126 CC(=O)N1CC(O)C2(O)C(C1C)C(O)C(O)(O)C2O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64127 CCOCC(O)CC(O)C(O)CC(C)O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64128 CC1CC2(O)C(O)C(O)C(c3ccccc3)C(O)C2O1 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64129 O=C(O)COC(OO)C1COC(CO)C1(O)O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64130 COC1=CC(C(=O)O)C(C2OCC(O)C3(CCC4(O)CCC3C(C)C4)O2)=CC1 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64131 CC12CCCC1CC(C(O)(O)CO)CC2CCC1C=CCC=CC1C(=O)OCC(O)CO TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64132 OC1C2Cc3ccccc3N=C2NC1c1ccccc1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64133 CC1(O)C2NC(C3CCNCC3)C(C(=O)Nc3ccccc32)S1(O)O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64134 CC12CCC(CC(O)C1CC(N)C1CNCc3ccccc3N1)C2 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64135 O=C1NC(CC2CCCC2)N2CC3=C(CC=CC3)CC12 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64136 CCC(O)C(O)(OC(C)=O)C(CO)CCC1C=CC=C(F)C=C1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64137 CN(C)C(=O)C(O)C(O)(CO)C(O)(O)CC(C)(O)CO TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64138 O=C(O)CCC1(O)CCC2C(O)CCCC2C(O)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64139 O=C(O)CC1C2CC(CCO2)COCC(O)CC(O)C(O)C(O)C(O)CC(O)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64140 CNC(=O)C(O)CC(O)C(O)C(O)CC1NC(Cl)SCCO1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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