Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64066	CC[C@H]([C@@H](O)C=C(O)C[C@@H](O)c1cncc(C)n1)[C@@H](O)[C@H]1CCC(O)(O)C1(O)O	TargetDiff	5JSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64067	O=C(CC1=C(O)C(=C=C2C=CC(F)=CC2)C=CN(C2CCCC2)C1=O)NC1C(=O)C(N2CCC2)Cc2ccccc21	TargetDiff	5JSS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64068	CC1=NC=CC(C(C)(C)O)P(=O)(OCNC(=O)C2CCNCC2)C1	TargetDiff	5JSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64069	CC(C)CCC(CC(=O)O)C(O)C(O)C1OCCC2CC=CC=C(O)C21	TargetDiff	5JSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64070	CC(=O)NCC(O)CC(=O)NC(=O)c1ccccc1OC1Cc2cccc(C(=O)O)c2N1	TargetDiff	5JSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64071	O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCC(O)C(O)(OP(O)(O)(O)O)C(O)CN1C=CN=C2C(O)=CCC=C2C1	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64072	COC(CCC(=O)O)COOP(=O)(O)O	TargetDiff	5MEK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64073	CCC(C)N1OC(O)(C(=O)OP(=O)(O)O)C(O)C(OP([O])[O])C1O	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64074	CC(=O)NC[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O.C[C@]1(O)COC[C@H](C2N=CC=NC2=NC#N)[C@]1(O)CC[C@H](COP(=O)(O)O)[C@H](O)CO	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64075	O=C(O)C(COP(=O)(O)O)C1CCCCCC1.O=[P](O)O	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64076	Cc1cncn(C(=CO[P@@](=O)(O)OP(=O)(O)O)C(=O)O)c1=N.O=P(O)(O)O	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64077	C=C1C(N2COC(O)(OC(=O)C(O)P(=O)(O)O)C(OOP(=O)(O)O)C(OP(=O)(O)O)O2)=C(N)C(C)=NC1C	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64078	C=C(CCC=C(C)O)CCNC[P](=O)O.C=C(N[C@@H]1O[C@H](C(=O)O)C(O[C@H](C(=O)O)[C@H](O)C(=O)OP(=O)(O)O)[C@@H]1O)C1=NCNC(Cl)=N1.CC(C)C(=O)OC=O	TargetDiff	5MEK	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64079	Cc1ccc(OCCC(OC(=O)OCC2C=CCC=C2O)C2C=CCC=C2O)cc1O	TargetDiff	5TBE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64080	C=CC(=CC)CC1=C(OC(=O)N2CC[C@@H](c3ccc(C)cc3)[C@H]3C4=C(C=CC=CC42)C3(O)O)N(C2C=CC(Cl)C(F)=C2)NC1	TargetDiff	5TBE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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