DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64036 CC(=O)OCCCCCC=C[C@@H]1C2C=CCC3=NC4=C5C(=C(O)[C@H](O)[C@@H]1N5[C@@H]32)C=CC4 TargetDiff 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64037 CC1CC2CNCC(C(F)C(O)C3C=CC=CC3OC(=N)N2)C1(F)F TargetDiff 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64038 CCC1(C2C=CC=CC=N2)CC(=N)C2=C1C1C(CC3C=CCC=C3)=NC(=N)N=C1N2 TargetDiff 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64039 CN1NCC2=C1OCC2C1CCC(NN2CCCN2C=O)=C1C1NCC1(O)N(C)c1ccccc1 TargetDiff 4C9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64040 O=C1OC[C@H]2CC(N=C3C[C@@H]4CC5=C(C4=C[C@@]4(CCC[C@@H]6O[C@H]7CCCCN7C[C@]6(O)CC[C@H]6CCC7=C(CC(=CC7)NC4)C6)C3)[C@H](C[C@@H](O)CO)[C@H](O)CC5)=C[C@@H]12 TargetDiff 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64041 NC1CC2C/C=C/C3C(C=O)C4C(O)C=CCC4CC4NCC(=C4C(=O)N3C=O)/N=N\C3C(O)=CC4NNC(=C4C3c3cccc(Cl)c3)C3=CC=C4C(=O)C1C2CN4C3 TargetDiff 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64042 CCC12NC(=O)c3c(Cl)cccc3-c3ccc(F)c4c3C(N1)C(=CC4)C1N=CC=CC12 TargetDiff 4C9X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64043 CCNC1=NCCC1 TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64044 C=Cc1ccc(Cl)cc1 TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64045 CC1=CC2=NC(CNC3=CCC=NC3=O)COC2=C2CNOC12 TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64046 CNC(=N)CC1CCCC1O TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64047 COCc1ccc(N)cc1 TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64048 COCCOC TargetDiff 6POI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64049 CCOCCC(=O)O TargetDiff 6POI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64050 CC/C1=C/N=C2\C(/C=C\C1C(F)(F)F)CC1CCCN21 TargetDiff 6POI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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