Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64021	CC1=C(O)CC=C2C1C1C=C3OC(=O)C(C)C(C4C=CC(O)=CC4C)/C=C\C=C/CC2(CCC1)O3	TargetDiff	4P6W	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64022	Cc1ccc(C2(O)C#CCCCCC(C)CCC(O)C23C(C)C(O)CC(O)C3O)cc1Cl	TargetDiff	4P6W	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64023	CC=C1CC[C@H](C)C([C@@]23CC[C@@H](C)[C@@H](C2)[C@H]2CCO[C@H]23)=C(C)[C@H]1C.CCCC(=O)O	TargetDiff	4P6W	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64024	CC1/C2=C(\O)C/C=C/C(O)CCCCC(CCCC(O)C(O)C(Oc3ccccc3)C3CC(O)C4CC1C3C4)C2	TargetDiff	4P6W	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64025	NCC(O)C1NCC(O)C(C(O)C2(O)CCC(F)CN2)O1	TargetDiff	5N3V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64026	NC(=O)c1ccccc1.OC1CCCC2CCNC=C12	TargetDiff	5N3V	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64027	CNC1CC2NCC3NC(ONC(=O)C4CCCC4O)=CC1=C23	TargetDiff	5N3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64028	CC1CCCC2C(C1)N=C(C1CC3CC(N)COC3C1)C(O)C2O	TargetDiff	5N3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64029	O=C(O)OC1C(CNC(C(=O)O)C(=O)O)C(=O)OC(C(F)(F)F)C1O	TargetDiff	5N3V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64030	CC1=CCC(CC(=S)C2CC(=O)OCC2O)C(=O)NC1=O	TargetDiff	5N3V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64031	CC1CC2CC(NC(=O)N(C)C(C)C3CC4=C(CC=CC4)C3)C(O)C2C(S)C1O	TargetDiff	5N3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64032	CC(O)C(O)C(O)C(O)(O)C(CO)COC1=CCC=CC(O)=C1	TargetDiff	5N3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64033	CC(O)C1CC=Cc2c1cccc2C(O)(O)CC(O)c1ccccn1	TargetDiff	5N3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64034	CC1=NC2N(NCN2C2c3ccccc3N(C(=O)C3CCCC3O)C2C2C=CCC(F)=C2)C(Cl)=C1	TargetDiff	4C9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64035	CNN=C(NC1CCC1)[C@H]1C=C([C@H](C(=O)O)c2ccc(C)c(CC(=O)O)c2)SC1	TargetDiff	4C9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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