Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63991	CC(CC1C(CO)C(C(=O)O)C(=O)N1C1C=C(C(=O)O)C(O)C=C1Cl)C(=O)O	TargetDiff	4P5D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63992	Cc1cc2c(cc1Cl)C(OP(=O)(O)O)COCC(O)C(=O)O2	TargetDiff	4P5D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63993	O=C1NC(=O)C(C(O)Cc2cc(=O)oc3ccccc23)C1O	TargetDiff	4P5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63994	CC1CC(C(O)c2ccc(C3CCCO3)cc2)C(C(=O)OP([O])[O])OC(C(O)C(O)CO)C1=O	TargetDiff	4P5D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63995	N=C(N)CCC(=O)NOC1C=CC(N)C=C1	TargetDiff	4P5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63996	CNC1C2=C(C(C)CC2)C(C(=O)O)C1Cl	TargetDiff	4P5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63997	O=C1OC(=O)C(C(F)CO)C2=C=C3CCC4CCCCC5CC(CC12)C3C45	TargetDiff	4P5D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63998	N=C1NC=NC=C2C1NCN2C(COCCP(=O)(O)O)C(O)C(O)OP(=O)(O)O[P](=O)CN(O)COP(=O)(O)O	TargetDiff	5EXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63999	O=C1C2=C(CN1C1COC(COP(=O)(O)C(=O)OP(=O)(O)O)C1O)NNN2	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64000	N=C1N=NC2=C1N(C1COC(CC(=O)OC(O)C(O)COP(=O)(O)O)C(CCOP(=O)(O)O)O1)CNC2	TargetDiff	5EXW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64001	CC(=O)OCC1OC(CC(=O)O)C(C(O)CCC(O)CC(=O)[P](=O)OP(=O)(O)O)O1	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64002	C=C1NC(=N)CNCN1C(COC(=O)c1ccccc1)CC(O)CCOCOP(=O)(OP([O])[O])OP(=O)(O)O	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64003	O=C1C=CN(C(O)(O)C(=O)OCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O)NC=N1	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64004	CC1C2=C(CC(=N)C=C2)CC(=NOP(=O)(O)O)C2=C1C1=C2C(=N)C2=C[C@H](CCC[C@@H](C)OP(=O)(O)O)CCC2=C1	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64005	O=P(O)(O)OP(=O)(O)OCCC(O)C(O)COC1=CCC(O)=CC1	TargetDiff	5EXW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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