DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63946 Cc1cc(CCC(C)C)c(C)c(N(C)C)c1 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63947 CC(C)C1CC2CC3CCC4(C)C5C(CCC4(C3)C25C)C(=O)C2CCCC1C2C TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63948 CC1C=NC(=O)N2C3=CC4C(CCCCCCCC12)NC=CN(O)C4C=C3 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63949 COC1=C(O)C(C)=C(N2CCCC2=O)C1 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63950 OCC1CCC2C1CCCC1C2C(O)(O)C2CCCC3CCC31C2 TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63951 CC1CC2COC(=N)C3C(C)C(=O)CC4C=CC=C(O1)C4C23 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63952 NC[PH](O)(P)[SH](CCO)CSNO TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63953 CC1OC2COCC3C(=O)C(CC23)C(O)C(C)C2CCC(CCC1O)CC2 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63954 CC1C(O)CC2(O)C3OCCCC3C3C(C)C(OC32)C2(C)CCCC(CCC2C)C1O TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63955 CC1C=CC(CC2C=CC=CC2OC2C(=O)N(c3ccccc3)C(O)(CO)C3CCCC23)C=C1O TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63956 CC1CCC2C1=C=CCC1=CC(O)=CC3CCC2C13 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63957 CC1(O)CCCC2CC(C3=CCNC(=O)CC3)C(O)C21 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63958 CNC(=O)N(C)C1CCC2=NC3C=CC=CC(C)C3N21 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63959 C1=CC2=CCC=C3OC(c4cccnc4)C=C(C1)C23 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63960 CC(C)C1CCOC2OC(Nc3ccccc3)C(N3CCC=NC3C3C=CCC=C3)C21O TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

63946 to 63960 of 73725 items. Total 4915 pages.