Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63886	CCCC1OC2=CC=CC3(O)OCc4ccc(cc4C3C2)NC2=NC3(CC2)CCC(O)C3C1C(C)=O	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63887	CCCN=C(C1C=CCC=NC1=O)N1C=CNC(C(=O)C2C=CCC=C2)=C1.N=C1CCC[C@@H](OC(=O)[C@@H](O)C(N)=O)N1	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63888	CCOCC12CCC(O)C(O)CCC(C)C1(O)C1=C/C(=C3/C=CCC(F)C3CC2C(C)C(C)C)C(O)=CN1	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63889	O=C1C=CC2C=C1C1=C=C(C(=O)Oc3ccccc3CNNC1)C1COC(OC1=O)OC1CCC3c4cnccc4C4OC2CC4C(O)(C(=O)O)C13	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63890	N=c1ccc2ccc(CCNO)cc2cn1.OC1(O)CN2CC3COCOC3C1C2	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63891	C[C@H]1CN(O)C2=C(N)S[C@H]3C4=C(CNC4)C(=C23)C(=NC(C)(C)O)O1	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63892	OCN1CCCC2C=CC=CC(NC/C=N\C3=NCC(CC3)C(O)CCC3CC(O)CC31)C2O	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63893	NC(=O)c1ccc(O)cn1	TargetDiff	4WRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63894	O=C(O)C(O)c1ccccc1	TargetDiff	4WRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63895	O=C1C=C2OC3=C(C[C@@H]2C(=O)N1)C(=O)C(=C1CCC(C2=CC4C=CC=CC4=CC=C2)C1)N3	TargetDiff	4WRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63896	Oc1ccc(OC2=CCC3Cc4ccc(F)cc4OC3=N2)cc1	TargetDiff	4WRB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63897	CC1=CC=CC(=NC2=NC3=N[C@H]4C(=O)O[C@H](C)CC4=CC3C2)[C@@H]1C	TargetDiff	4WRB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63898	OC1CCC(C2C=Nc3nnccc3C2)C1O	TargetDiff	4WRB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63899	O=c1oc2c(cc1-c1cccc(O)c1)CCCCC2	TargetDiff	4WRB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63900	NC(=O)C1CCC2C3=C=C4CCNCCC4N=C3CC12	TargetDiff	4WRB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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