DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63856 CC1CCCC1NC(=O)C1=CC=NC2CC(N)(C(=O)O)C(=O)C2=C1 TargetDiff 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63857 C=C(CCNC(CCC1COC2=C1NC(C1CCCC1)C=N2)C(=O)C1CNc2cncnc21)C(=O)O TargetDiff 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63858 C=C1CCCC1.CC(=S)N1OC(O)(N2CCC(N)=C2CNCC2CCCC2)CC2=CN3C(=CC21)CC1=C3CCO1 TargetDiff 5FCK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63859 CCCCOCC1Nc2cc(CC(N)=O)c(O)cc2S1 TargetDiff 5FCK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63860 O=C(O)CNCc1cccc(-c2cccc(S(O)(O)O)c2)c1 TargetDiff 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63861 N=C1NCC(Oc2ccc3c(c2)C2=CCC=CC2C3)N1 TargetDiff 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63862 COc1cnc(Nc2ccncc2OC(=O)C2C=Cc3ccccc3C2)nc1 TargetDiff 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63863 Cc1c(Cl)ccc2c1OCC(C(F)(F)F)CCN2C TargetDiff 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63864 CCCCCC(C)CCC TargetDiff 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63865 CC1CC2C=Cc3cccc(c3C2)OCC(O)C(CO)C2CC(C)C(C1=O)C2(C)F TargetDiff 6HGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63866 CC1CCCCC2C1CC(C)C1COC1C2C1CCCCC(C)C1C(=O)O TargetDiff 6HGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63867 CC1=C(C(=O)O)C(=C2CC[C@H]3N=C4NCNC4=[S]C(=O)[C@H]23)CC1 TargetDiff 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63868 COC1c2c(ccc(O)c2C)C2C(=O)C(C)CC(C)N12 TargetDiff 6HGF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63869 CC(N)=C1CCC(C)(C)C1 TargetDiff 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63870 COc1cccc(C2=C(Cc3ccccc3)C(=N)NC2)c1 TargetDiff 6HGF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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