DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63841 CCC1OC2C=CC=CC2C(O)C(O)c2ccc3c(c2)N1C/C(O)=C\NC(=O)N3 TargetDiff 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63842 N=C1NC(=N)C(NCNC2OC(CCOP(=O)(O)O)OC(=O)C2O)C1=N TargetDiff 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63843 COC1=CCC2C(NC(=O)C(C)O)C(CCC(CO)C(=O)O)N(C(=O)c3cccnc3)C2C1 TargetDiff 4OAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63844 O=C1NCC(/C2=C(C3C=CCC=C3)/C=C/C(P(=O)(O)O)CCCCCN3CNC2=N3)N1 TargetDiff 4OAG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63845 c1ccc(-c2ccccc2)cc1 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63846 CC1=CCCC2=C1C(=O)C(O)C2 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63847 CCCC(O)CCC1=C(C2CCC(C(=O)O)C2)NNC1 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63848 O=C1NC2=CC3CCCCC3CC2OC(=O)C2CCCC(C2)C2C(=O)OC3CCC=CC(N1)C32 TargetDiff 5WBO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63849 O=C1CC2C=CC=C3OCCC3=C2O1 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63850 OC12CC3CCC4CC5=C(NC(CCC5)OC5CCC(C5)C5CC6C=CCC=C6C51)C4=C3N2 TargetDiff 5WBO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63851 CN1CC2/C1=N\C1CCC3=C1C1C(=NC3)OC3CCC2C31 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63852 O=C1C=C2C=CCC3C(=O)CC4C=C(O)CC1C4=C23 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63853 O=C1CC2C=CCC3C(=O)C4CCCC4=C=C/C=C/1C=C23 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63854 OC1CCCCCC2Cc3cnccc3C2c2cccc(Cl)c21 TargetDiff 5WBO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63855 CC1CC(c2ccccc2)NC(O)(CC2C=C3C=C=CC(=N)OCC3=CC2C(=O)O)N1C TargetDiff 5FCK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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