Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
63871	Cc1ccc2c3c1c1c(c(=O)n3CN3CC(=O)OC23)CCO1	TargetDiff	6HGF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63872	CC=C(CO)[C@]12CC[C@H](CC[C@@H]1O)[C@@H]1C[C@@H]3C[C@H](CCCC)[C@@H]3C[C@H]12	TargetDiff	6HGF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63873	CC(O)C(=O)OC1OC2(CC1C1C=CCC(F)=C1F)C1CCC(C1)C2N	TargetDiff	5KBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63874	CCC1OC2C1CC(C(=N)N)C(CCOc1cccc(F)c1)C2C(=O)c1ccccc1	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63875	CC1NC(C(C2CCC(C(=O)O)C2)C2CC(N)CCC2O)=NCC2=C1CCCCC2O	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63876	NNC(C1=C(O)C=CCC=C1)C(OC1=C2CC=C(F)C(F)=C2NN1)C1C=CC(Cl)C=C1	TargetDiff	5KBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63877	CN(C)C(=O)CN(C1=CC=C(F)CC=C1)C(O)(CN)CO	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63878	NC1(N)CN(CC(O)CO)CC1CNC1C=C(F)C(F)=CC1C(=O)O	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63879	NC1CC(O)CCN1C(O)(CC(=O)Nc1ccccc1)CN(F)C(=O)C(Cl)C(F)C(F)(F)F	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63880	C[C@@H]1CO[C@H](N)[C@H](NC(=O)c2ccc3c(c2)CC[C@H]3C(F)(F)F)[C@H]1CC=C[C@@H]1CCCCN1C	TargetDiff	5KBY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63881	CC1CC(O)C2(CCC2)CCC(C2CCC(F)C(F)C2)C2CC(N)CC(CCO1)C2	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63882	CC(C(CC(N)=O)C1=CC=C(F)C(F)C=N1)C(O)(O)N1CCCCC1	TargetDiff	5KBY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63883	CCCNS([O])([O])C1C2C=C(NCC)N=C(C)C2C(=O)C2C(C)C(C)CC21	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63884	CC1=C=C2/C=C\C/N=C\1CCCC(C)C1=NC(=N)N=C1CC1CCCN(C2=O)C2=CC(F)=CCN21	TargetDiff	5KZ0	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
63885	C[C@H]1[C@H](CO[C@H]2CCCN2)C(=O)N/C=C\CC/C=[C]/C(=O)O[C@H]1C1=NC(=N)C2=NCC(=Nc3ccc4ccccc4c3)N21	TargetDiff	5KZ0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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