DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63916 CC(CC(=O)O)C(=O)OC(=O)C(O)C1OC(C)C(C(O)C(=O)O)C1O TargetDiff 6ST0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63917 NC(CC(O)CC(=O)O)C(O)C1(O)CCC(C(=O)O)O1 TargetDiff 6ST0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63918 O=P(O)(O)CCOC1C(O)C(O)C1(O)C(O)CO TargetDiff 6ST0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63919 O=C(O)CC(O)C1OC(O)C(O)(CC(O)CO)C1O TargetDiff 6ST0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63920 C1CNCN1.O=C(O)CC(=O)C(O)COCC1(O)C(O)C(O)C(O)C1O TargetDiff 6ST0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63921 CCC1CCCC2CC(C(C3CCC(C)(OC)CC3)C3CCOCC4(CCC4)O3)C12 TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63922 CC1CC2CCCC2(O)C(C2(C)CCCC2C)CO1 TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63923 CC1=CC=C(C)c2cccc3cccc1c23 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63924 CCC1CCC(C)C2C1C(C(C)CC(=O)O)CCC1CCC12C TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63925 CC(O)Cc1cc(N)c2ccccc2c1 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63926 CCC1CC(C(C)C)C(C)C2C(C)CC(CC(C)C)C2C1 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63927 O=C1CCCC2CCC3=C(C2C1)N1N=CC2C=NC=CC2=C1N3 TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63928 CN[SH](F)S(=P)[SH](CS(N)(S)NCF)POOP(N)O TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63929 COc1cccc(OCCC(CCCC(C)CO)C(O)C(=O)NCC2CC3CC(C)C(C3)O2)c1O TargetDiff 3B6H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63930 CCC1CC2=C3c4c(cccc4C(=O)N(C)C3C1)CN2O TargetDiff 3B6H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

63916 to 63930 of 73725 items. Total 4915 pages.