DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
63976 N=C1CC2CC(=O)CC2C(C(=O)O)N1CCO TargetDiff 5CT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63977 COC1CC(C)C(C)C(C)C1.O=CNCC1CCC(C2CCCC2)C1 TargetDiff 5CT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63978 CC(O)CC1=[S]C(NC2CCCC2)C(CN)=CC1 TargetDiff 5CT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63979 CCCOC1CC(OC(=O)CO)CC(O)C1C.NC1=CCC2=C(C1)SCC2 TargetDiff 5CT2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
63980 O=C(O)c1cc(OC2CCC(OC3COC4C=CCC5=C4C3N3CCCC3O5)C2(O)c2ccc(F)cc2)ncn1 TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63981 NC(=O)C1=CC(NC(=O)c2ccccc2)NN2C=CCC(C(N)=O)=C2C1 TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63982 Cc1ccc(OCC(O)(C(C)C(C)C)C(CO)C2C(=O)CC2CC(O)(F)F)cc1F TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63983 CC(CO)C(N)C1(O)/C=C(/CC(=O)O)CC=C=C2C=C3CC4CCCC4C3=CC2CC1 TargetDiff 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63984 Oc1cccc(C2(O)OC3=CCC(S(O)(O)O)=CC3C3C2CN3O)c1 TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63985 CCC(CCS)OCO.COC1=CCC(C(O)C(CF)C(O)C(O)(O)S(O)(O)O)=CC1 TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63986 CC1C(O)=CC=CC1OC(C(=O)C(C)N(O)N1CCC(C(=O)S(=O)O)C1=O)c1ccccc1F TargetDiff 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63987 O=S(O)Nc1ccc(C2C=CC=CC2c2ccccc2)cc1O TargetDiff 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63988 CCC1CCC2C(CC(C)O)C3C2C(C1)C1(O)CC=C(S(N)([O])[O])C(O)C31 TargetDiff 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63989 O=C(O)C1=C2C[C@@H](O)[C@H](O)C2=C[C@@H](C=C2CCCC2)C1 TargetDiff 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
63990 CC(C(=O)O)C1C=CC(C2C=CNC=C2)C=C1OC1C(O)C(O)C1O TargetDiff 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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