DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64081 O=C(CC1CC2C=CCC=C2NC(=O)/C([C@@H](C=NC2=N[C@@H](F)CC2)N2CC[C@H]3CCCC[C@@H]3C2)=N\1)O[C@@H]1CCCN1 TargetDiff 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64082 FC(F)(F)F.FC1CC=C=C2NC(C3CCCCNC3)CC2N2CC(c3ccccn3)N=C12 TargetDiff 5TBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64083 COC1=CC=CC(C2C=C(O)C=C3CNC(Oc4ccc(F)cc4)C=C32)C=C1 TargetDiff 5TBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64084 CC1=CC(C2CC3C=CC=CC=C3C(C(CCCO)C3COc4ccccc43)C2)N=CC1 TargetDiff 5TBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64085 CO[C@H](C)OC1=CC=CCC1=NOc1cc(C)cc(CC2CCC2)c1O TargetDiff 5TBE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64086 N#Cc1ccccc1NN1[C@H]2CC[C@@H](N=C[C@@H]3C(=O)C=CCC=C3F)[C@H]2[C@H]2C=CC(F)=C[C@H]2OC(=O)[C@H]1c1cccc(N(O)CCC2=CCCOC2)c1 TargetDiff 5TBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64087 CC1CCCC(NC2=CCC(CCc3c(Cl)cc(CCS)c(NC(=O)N4OC(=O)C(N)C5=C4C=CCC5)c3O)C=C2O)C1.COc1ccccc1NCCC1CCCC1.FC(F)(F)C(F)(F)F TargetDiff 5TBE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64088 CN(C(=O)CC(O)CC1C=CC2CC(C(C)(N)O)OC(=O)C2C1O)c1ccccc1F TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64089 CC(C)CC1(C)C(O)C(O)CCC2CC3C4C(CCC41)CCC3(C)C2 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64090 CCCC(O)C(O)CC TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64091 O=C1OC(=O)C(O)(OC(CO)C(O)C2COCc3ccccc3C2)C(C(O)CO)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64092 CNc1ncccc1C(O)C(O)C1=CCC=CC=N1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64093 CC(=O)NC1OC2CC(C(=O)O)CCC2C1NO TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64094 CC1CC(C(O)C(N)=O)CC2CCCCCC(C2)CC(O)C(C2CCN(O)C2=O)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64095 O=C(O)C(O)CC(CCC1CCCC(CO)C1O)C(=O)O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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