DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64141 CC(C)C1C2CC3CCC(C)C3C(O)C2C(CO)C(O)C1(O)CO TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64142 CCC1CCC2(CO)C(=O)OC(C(O)C(C)C)CC2N1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64143 CC(CO)C(C)CC(O)C(=N)NC(=O)C(O)CO TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64144 CC(=O)CCC(O)C(O)CCC(CO)C(=O)O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64145 C=C1CCC2CN=C(C(O)C3C4C(O)C(CCO)OC4C(O)C3(O)O)NC12 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64146 O=C1CCN=C(C2OC(O)C3OC4CCC(O)C5COC2C3C45)N1O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64147 CNC(CSCC1C(O)CC(O)C(O)C2CC3CCCC3C(O)C12)C(=O)O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64148 CCCCC(=O)NCN(O)C(C)Cc1ccccc1O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64149 CC1C(=O)N(C2C(C(=O)O)CC3CCC(O)CC32)CC1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64150 CC(C)C1CCCC(C)(O)C(O)C2(O)C3OC4(CCCC(C1)C4O)C(O)C(O)C3C(O)C2(O)CO TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64151 OC(O)C1(O)Oc2ccccc2CCC1C1CCc2ccccc21 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64152 CC(C)(O)C1OC2OC(O)(CC3(O)CCN4CC5CNC(=O)C5=C43)C(O)C2CC1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64153 CCC(CO)C(O)C1C=C2OC(=O)C(O)CC(S2)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64154 CCC(O)CCC(O)CC(O)C(C)(C)O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64155 Cc1ccc2c(c1)CC(O)(C(O)Cc1cccnc1)CC(NO)C2O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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