DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64186 CC(C)C1C=CN=C2CCC(CNC3=C(O)C(CCNO)N4C=NCC=C34)=C21 TargetDiff 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64187 C[C@H]1N[C@](N)(O)[C@@H]2N=CC(O)=CC2C[C@@H]1C=C1/C=C\Nc2cnnnc2NC1 TargetDiff 5IA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64188 CC1CC(C)(O)CC(C)C2N=CC3=C(C=NC(=N)C3C)C2(O)N1 TargetDiff 5IA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64189 CCCC(CO)(NC)C1N=C2CNC(C)C2=NC1=O TargetDiff 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64190 COc1cc(Cl)cc(NC2=C(C(=N)N)C(=N)NC2)c1 TargetDiff 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64191 C=CC(C(=N)N)C1Oc2ccccc2S([O])([O])C1=O TargetDiff 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64192 CCC1(O)C(O)C(O)C(C)(O)C1O TargetDiff 4OAK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64193 O=C1OC2SCNC2(O)C(O)C1O TargetDiff 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64194 NC(C(O)CC(=O)O)C1(O)NCC2CCC(O)CC3=C2C1CS3 TargetDiff 4OAK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64195 NC1C2=C(NCC2C2COCC(=O)OC2=O)C2CCC3CCNC3C2C1O TargetDiff 4OAK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64196 OC1C(CF)OC2(O)C(O)CCCC2C1O TargetDiff 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64197 N=C1CCC2(O)C(F)(F)C(O)C(O)C2(O)C(O)C1C1CCCNC1 TargetDiff 4OAK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64198 CCC(N)C(C(=O)O)C(O)(CO)C(=O)O TargetDiff 4OAK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64199 CCNOC1CC2=NC3C(C2C1)C(O)c1nc2cccnc2n1C3O TargetDiff 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64200 O=C(O)C1CC2C(O)C(C(=O)O)CC2(O)C1 TargetDiff 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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