Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64201	CC(N)C1OCCC(O)C1N	TargetDiff	4OAK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64202	NC(O)(CO)C(O)C(O)C(O)OC(OC1=CCOCC(O)=C1)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64203	CC(O)C(O)CC(C(CC(O)CO)NCC(C)(O)O)C1CC(O)C(O)CO1	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64204	NC(=O)C(O)C(C(=O)NCCCO)C(COC(=O)O)OC(=O)CO	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64205	CNC1=NC(=O)CC2C1C(O)C(C(=O)O)CC2(O)C(O)C(=O)O	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64206	NC1CC2C(O)CN(C(=O)O)C3C(O)C(O)C(C4CCC(O)C14)C23	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64207	NCNC(C(O)C(=O)O)C(O)C(O)(CO)C(O)C(O)C(N)CO	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64208	CCNCC(O)C(O)C(O)CC1(O)C(C(N)=O)CC2CC(O)(O)CC21	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64209	CCC1CC2SC(O)C(C(=O)OC=O)C2C2CCCC12	TargetDiff	5NWE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64210	O=C(OC(CO)C(O)CO)C(O)CC(NC(=O)C(O)(O)C1CCCCC1)C(=O)O	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64211	NC1CCC(CO)(C(O)C(O)CO)OC(C(O)C(O)C(=O)O)C1N	TargetDiff	5NWE	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64212	NC(=O)C1=C[C@H](N=C2NN([C@H]3N(N)C(=O)C4C[C@H]5CC[C@]43C5)CC2=O)c2ccccc2C1	TargetDiff	5ALB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64213	COC1=C(OC2=CC=C3C(N)=CC=CN3C2)CC=C(N2CC(F)CC(F)NCC2=O)C1O	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64214	C[C@H](NCC1=NCN=C2CCCC21)NCC1CC2N=CC(F)C=C2N=CC1=C1CCCC1	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64215	CC1CCN2CCC(F)C3CC(F)=CC=C3C12.O=C(C=C=C(c1cccnc1)N1CC2=C(CC=C3OCCC32)N1)NC(F)F	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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