Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64216	O=C1C(c2ccccc2)N=C(C(O)C2=CC3=C(CC=CC3(F)F)NC=N2)CCN1c1nccnn1	TargetDiff	5ALB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64217	CC(C)CC1C[C@@H]2C[C@H](C)C(C=NC(=O)O)=CC3=C2[C@H]1C(NCO)=NC3.CO[C@H]1CC=C(NC2Cc3ccccc3C2)CCC1	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64218	NO[C@]12OC3=CCC=CC3=C1C(=O)N(O)C(=O)C2=C1CC(Oc2ccccc2)CN1	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64219	CC(=C=CC/C=[C]/C(N)=O)NCC(=O)NC1C(=O)NC(=O)C=C1C1C=CCC=C1	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64220	CC(C)=CC/C1=C/[C@H]2NN(CC#C[C@@H](C[C@@H](C)F)[C@@H](C(=O)F)C(=O)C[C@H](N)CC1)OC(C)=[S]2	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64221	COC1CCOc2c(N=C=O)cccc21.COOC1=NCc2cc(F)c(O)c(F)c2N1	TargetDiff	5ALB	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64222	CCCN=C1CC[C@H]2NCCN12	TargetDiff	5O87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64223	OCC(CC(F)F)C(O)CN(F)c1cc(F)ccn1	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64224	CNC=CC(=NN(C(=CCCCCN)NO)C1=NC2C=CC=CC=C2C1)C1CCCC1	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64225	CCN(C1CNN(C)C(F)=C(N)C1)C1CCCC(CC(=O)O)C1=O	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64226	C=C(NCO)C1CCC(=N)CCC1OC1C=CC(O)C(CO)C1	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64227	C[C@@H](CF)CC=C=C(CC=Cc1cc(F)c(F)c(Cl)c1)CCC(F)(F)F	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64228	CC1CNN(C2CCNC2)C1=O	TargetDiff	5O87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64229	C1=NN(c2ccccn2)C2CC3CCCC3C2N1	TargetDiff	5O87	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64230	CCC1CC2C(=N)CC=C3C(c4ccccc4)CC(CC1=O)C32	TargetDiff	5O87	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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