DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64261 N=C1NC(=O)C2=C1CCC2 TargetDiff 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64262 COC1(O)CN=C(C(NC(=O)CNCO)C2C=CCC(C)=C2)c2ccccc21 TargetDiff 5OS8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64263 COc1ccnc(-c2ccncc2)c1 TargetDiff 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64264 C[C@H]1[C@H](O)C(=CC(=O)O)[C@]2(C(=O)O)[C@H](C)[C@H]3CCCC[C@H]3[C@]12O TargetDiff 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64265 COC(=O)C1=CC=CC(=C(C)N2CCCN2)[C@H]1O TargetDiff 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64266 CC1CCCCCCC1(O)CC(=O)O TargetDiff 5OS8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64267 O=C1CC(C(=O)O)CCCCO1 TargetDiff 5OS8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64268 CCCNSC1=NC(Cl)=NC(c2cccc(C(=O)O)c2)C1 TargetDiff 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64269 O=C1N=C2NN=C3CC(O)C(OP(=O)(O)O)C(OP(=O)(O)O)NCCN1CN32 TargetDiff 6CZB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64270 [O]P([O])OC(CNCP(O)O)C(O)CN1C=CCN=C1 TargetDiff 6CZB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64271 CC1(O)C(O)CC(O)(C2CCCC2)C(C(=O)O)C1O TargetDiff 6CZB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64272 N=C1CC=NC(C(=O)OCCNC(COP([O])[O])C(=O)OP(=O)(O)O)=N1 TargetDiff 6CZB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64273 O=C(O)CC1OCCC(O)(O)C(O)C1C(=O)O TargetDiff 6CZB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64274 CC(OP(=O)(O)C(C)OP(=O)(OO)OP(=O)(O)O)N(C=O)CC1OCC1O TargetDiff 6CZB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64275 CC1=C(C(O)C(O)C2C(=O)NC2CCO)C=CCC=C1 TargetDiff 6CZB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64261 to 64275 of 73725 items. Total 4915 pages.