DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64276 CC(O)C(=O)NC1CC(O)C(O)(O)C(=O)O1 TargetDiff 6CZB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64277 CC(=O)CC1CC(O)C(=O)N(C2OC(C(C)COC(OP(=O)(O)O)P(=O)(O)O)C(O)C(O)(O)C2O)C2Cc3ccccc3C12 TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64278 O=C1NC(=O)N2C3=C(COC3)OC2C1C(O)C(O)C(O)C12OCON1C(=O)C(=O)N(C(COP(O)O)COP(=O)(O)O)CO2 TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64279 CC1C=CC(=O)C2C(C1)NC(OC(CCCCC(=O)O)P(=O)(O)O)C2O TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64280 COc1ccc(C(O)C(O)C(O)C(=O)NC(=O)CC(CO)P(=O)(O)O)cc1Cl TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64281 CC(=O)CCC(CC(C=N)C(O)C(=O)O)CC1(O)CC2(COCOC3CCC3C2=O)C(O)C1O TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64282 COC1CC2=C(C1)NC(C(O)C(CO)C(O)C(O)CCCCP(=O)(O)O)C2 TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64283 CC1=CC(F)NC(=O)C(C(O)C(O)C(C(=O)O)C(O)C(O)C2CC(OP(=O)(O)O)N(C(=O)O)C2C)C1 TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64284 CC1CCC(C(O)C(O)C(O)CNCC(O)CC(O)C(=O)O)C(=O)N2CN(O)CC=C12 TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64285 CC1CC2C(Cl)=CC=C(CC(O)(O)C3C=NCC(C(O)COP(=O)(O)O)C3O)C=C2O1 TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64286 CC1C2=C(CC=CC2)C(O)C2(O)C1C(O)C(O)C2(O)C1OC2(CO)CC(OC(O)COC(=O)C(=O)O)OC(O)(O)C2C1O TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64287 COc1ccc(CO)c(C(=O)C2OC(C(CCC(O)C(C)C(=O)O)C(=O)O)C2O)c1 TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64288 COC1=CC(C2OC(C(F)C(O)(O)CCC(=O)O)C(O)C2(O)O)C(O)(O)C(O)=C1C TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64289 CCC(C)CC(O)=C=C(OC(O)C(O)(O)C(=O)O)C(O)C(=O)O TargetDiff 4PXZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64290 CC(C1C=CC2C(C=C1)C1C(O)OC(=O)C(c3cccc(F)c3)CN1C2CC(=O)O)P(=O)(O)O TargetDiff 4PXZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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