DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64111 CC(=O)CCOC1CC(C)C(CC(C)C(C)C)CC(N)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64112 CC1CCNC1(O)NC(=O)C1C(O)CC(O)C(C(=O)O)CC1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64113 CC1C2CC(CO)N1C1C(=O)NC(=O)c3c(O)cccc3C1C(O)C(C)(O)C2 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64114 CC(C(=O)C(N)=O)C(O)C(O)C(C(C)C(N)=O)C(C)C(O)C(CO)c1ccccc1F TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64115 NC(=O)C1C(=O)C(O)(C2CC3=C(CC=CC=C3)O2)NC1CCCC1C=CC=CC1Oc1ccccc1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64116 CC1(O)OC(CO)OC(C(=O)OC2CCC(O)CC2)C(O)C1(C)O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64117 CC1CCC2(O)CC(O)C3Cc4ccccc4CC3N2C1 TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64118 CC1CC(C(O)C(O)C2CSCCC2O)COCC1O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64119 NCCC1=CC2N(C(=O)O1)c1ccccc1C(O)C2(O)O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64120 COC1COC2CC3NC(=N)NC3=NC(=N)C2CC1O TargetDiff 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64121 N=C(N)CCC(C1=CCC=C(O)C1N1Cc2ccccc2O1)C1CCOC1 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64122 NC1CC2CC3=C(C(C(O)C(CP(O)O)c4ccccc4)C(F)C=C3)N2C1=O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64123 O=P(O)(O)CC(O)C(O)C(O)C1OC(O)C(O)C(O)C1O TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64124 CCC(CO)C(O)C1CCCCC1OCCC(C)(O)CC(N)(O)C(O)CO TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64125 CC1CCCC12CC(O)(O)C1CC3=C(CCC3O)CC12 TargetDiff 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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