Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64366	OCCC(CO)C(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64367	CC(O)C(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64368	OCC(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64369	O=C(O)C1CC(O)C2C(O)C(O)C(O)C(O)C2(O)C1O	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64370	OCC(O)CC(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64371	OCC(O)CC(O)(O)C(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64372	O=C(O)C(O)CO	TargetDiff	4CSD	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64373	CC(=C1N=CC([C@@H](NNc2ccccc2)OC(F)(F)F)=CN1C)[C@@H](C)O	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64374	COC(CCO)C1C=NC2=C3CCC(O)C=C4C=C(C(C)C)C=C(C(=O)N2C1C)C43	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64375	CC(O)=C1CC=CC(C[C@H]2[C@@H]3CCN3[C@@H]3c4ccccc4C[C@@H]32)=C1O	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64376	CC1=CC2C3=CC=CC=C4OC5Nc6cc([P](=O)OC(C)CC(C)C)ccc6C5C(C43)C2C=C1	TargetDiff	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64377	CC1C=CC2C(=O)NC3CC45OC(CC(C)C(O)C2=C1)C1CCC(=O)C1C4Cc1ccc(Cl)c(F)c1C5O3	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64378	CC1=CC2=C(C=C3C(=O)OC(C)C(CC(F)F)C13)C1=C(CC3C=C(F)CC=C3O2)OCCC1	TargetDiff	6S5K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64379	COCC=C1/C=C/OC2C=CCC3=C(N[C@H](CNC4=C(CCC4)O1)C(=O)[C@@H]3[C@H]1CC[C@]1(C)O)[C@H]2C	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64380	CC1OC(N2CC=C(C(C)C(O)(O)C3CCC3=O)c3ccccc32)C#Cc2ccc(C(=O)O)cc2CC1O	TargetDiff	6S5K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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