DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65431 O=C1C(O)C(O)C(O)C1C1C=CC(F)C=CC1O TargetDiff 6OJA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65432 O=C(CC(O)C1CCCCC1(O)C(O)CO)NC(F)C(F)(F)C(F)F TargetDiff 6OJA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
65433 COc1c(C(=O)O)cccc1C1(O)CCCC(C2C=CCC=C2)C2OCCCC21O TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65434 CC1C(C(=O)N(C)O)CCN2C(CCC23CCCC3)C(O)C1C(=O)O TargetDiff 5G2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65435 CCCN(C=O)C(C)C(O)C1=CC=CC2OC(=O)C(CO)CCC(O)(O)C2C1C1C=CCC=C1 TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65436 CC1(C)CCC(F)C2C3=CC=C(O)C(O)C=C3CC2C1 TargetDiff 5G2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65437 O=C(O)C12CCC(O)(C1)C1(C=CCC(F)=C1)CC2O TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65438 CC1CCCC(C23CC4C5CCC56C(CC(O)C6O)CC(CS2)C43O)CC1 TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65439 CC1C2C(CO)C3CC4CC(C)(C(C)C2(C)C(=O)O)C32C3=C(CCC3CC12)CC1CCC(O)(O)CC14 TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65440 CC1C(O)CC(=O)CCC1CC1CCCC(C(O)(C(C)C)C(C)C(=O)O)C1O TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65441 OC1=C(O)CC2C(CCC3CCC4C5CCC6(CCCC2C3C46)C5)C1 TargetDiff 5G2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65442 CCC(C)CCC1CCCC(CCCC(O)C2OC(COC)C3C(CO)OC(C)(O)CC23)CC1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65443 COP(=O)(O)OCC1OC(OO)C(C)C(CCC2(C)CC(O)(O)CC3(CC(C(O)OP(=O)(O)O)C(C4C=CCC=C4)C(C)(C)C3)C2)CC1CC(O)C1OC(C(O)CCO)C2SC(N(C)C)=NC12 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65444 CC1CC(CN(C(N)=O)C2CCS(O)(O)CC2F)=C(CO)C2C(=O)CCN12 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65445 CN(CC(CCC(CO)CNN)C1CCC(C(=O)O)C1)c1cccc(O)c1 TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

65431 to 65445 of 73725 items. Total 4915 pages.