DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65446 NC(=O)C(CC(NCCP(=O)(O)O)C(N)C1C(Cl)COC1Cl)C1CCN(CO)C1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65447 C=CC(C)C(CC(=C)OC1CN(C(=O)CC(N)C(=O)c2ccc(F)cc2)CC1C)NCCN(C)CO TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65448 CCCC(C(=O)OC(C)C(=O)O)C(O)C(C)CCC1CCC2C(O)OCC(C)CCOC(CC(N)=O)OC(C)CC2(O)C1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65449 COC1=C(O)C(F)C=CC1C1CCCC(O)C1C(CO)C1CCC(O)C(C(C)C)C1 TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65450 CC1CC(CC2C=CCC(F)=C2)C(C)(CNC(=N)C2CC3C(CNC3C)COC(=O)NC2C)C1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65451 Cc1cccc(OCC2CNC(=N)C2N(C)CCCC(=O)O)c1 TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65452 CC(CCC(O)CN(C)C1CNCC(C(=O)O)C1)C(O)CCC(c1ccccc1)N(C)C(=O)O TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65453 CC(CC(CCS(O)(O)CC(C)(C)NNC1CC2CCCCCC2OC1C1CC(O)C1)NO)C(C)SC=C=O TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65454 C=C(O)C1CC=C(CCNCC(O)CC)C(C2C=CC=CC(COC)=C2)C1OCCC TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65455 CCC(N)C(CN)CC1CCC(O)(O)CC2C=C(CC(C)C2)CC2CCCC(O)CC(C2)O1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65456 CCOCC(O)CC1OC(=O)C(O)C(C)C(OC(=O)CCCCC(C)C(C)O)O1 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65457 O=C(O)c1cc(C2CCC(O)C3CN=C4C=C5C(=CC4OC3N2)C=CC=C(O)C5O)ccc1O TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65458 NC1c2cc(F)ccc2CC2CC(O)(C(=O)O)NC(=O)C(O)C3(O)CC(O)CCC3C3CC4CCC(C4)C(O3)C(O)=C=CC21 TargetDiff 4BEL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65459 CN(C)CCCC(C(=O)O)C1CC(C)(S)C(O)C(C(O)C2=CC=C3CCC4CCC3(C2)C4)O1 TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65460 CC(CCCC(CO)NCC1COCC(C(C)O)C1)CCCC(C)N1CC2N=CN=C(Cl)C=C2C(CC(=O)O)CC1=O TargetDiff 4BEL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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