Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65506	CC1(C(=O)O)CC2CC(O)C3N2C(C2CCC4NCCCC(C42)C3(O)O)C1O	TargetDiff	5IVC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65507	CC1=NC(=O)C(O)=C(C(=O)O)C1	TargetDiff	5IVC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65508	N=C1N=CC=CC1C(=O)O	TargetDiff	5IVC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65509	CCN1C=CN=C2C3C(=C(C(C)C(N)=O)C(O)=CC21)Nc1ccccc13	TargetDiff	5IVC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65510	O=C(CF)C1CC(O)=CC2C=C(O)CC=C21	TargetDiff	5IVC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65511	O=C1C(CCO)C(=O)N2C3=C4C(=CCC3)NOC4C12	TargetDiff	5IVC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65512	N=C1N=CCC=C1O	TargetDiff	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65513	COc1ccc2c(c1CN)C=CC1OCCC(=O)CC21	TargetDiff	5ULA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65514	CC1CCC/N=C2/C(C)C(=O)C3CCC4CCCC(C(O)CCO1)C4CC23	TargetDiff	5ULA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65515	NC1=CC=NC=C2CCCNCC12	TargetDiff	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65516	O=C1N=C2NCNN2N=C2CC=NC=C12	TargetDiff	5ULA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65517	CC(=O)C1C=CC(=N)N=C1NCC1CCC(O)CC1	TargetDiff	5ULA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65518	CC1C(=N)C=CC=NC1=N	TargetDiff	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65519	COC1=NC2OC3C4=C5CC6CC=CC=C6CC5NC4=CCC3CC2C=C1F	TargetDiff	5ULA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65520	C[C@]1(CC(=N)C(O)=C2C[C@H](O)[C@@H]3OCC[C@H]3C2)CN(C2=CC=CCC=C2)C(=O)N1	TargetDiff	4CWS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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