DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65551 CC1C(C)C2C3=CN=C4CCCC4C3C(O)C2C1C TargetDiff 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65552 CN1C(=O)C2CC1C1=C(NCN1)NCC1CCCCC1CO2 TargetDiff 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65553 O=C(O)CC1(O)C2=C3C(C(F)=CC2)c2ccc(F)nc2C(C(F)F)CN2CCCC2N31 TargetDiff 5CEQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65554 O=C1NC(=S)C2=CCC=N/C2=N\NC2=C/C(=C\1O)CC=C2 TargetDiff 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65555 COC1=CC2=CC3=CC(CC(O)C4CC5=C3C(=O)N=C3CC(COC(=O)O)=C(CC(O)C4O)C35)C2C(F)=C1 TargetDiff 5CEQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65556 CCNCC1C=CC(C2CC=CCC3C4=NCN5C(=O)N=C(C)C=NC5C4CN23)=CC1 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65557 ONCC(O)CNCC(O)OCCCOC1(O)CC2CCCCCC2C1 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65558 CCCC1CCC(C(O)COC(NC(=O)NC(C)c2ccccc2O)OCO)C(=O)N1 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65559 CCOCC(C)(O)C1=NC=NC2C=CC(F)C=C=C12 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65560 CCC(NC(=O)c1ccc(F)cc1N)C(=S)C(O)c1ccc(CN)cc1 TargetDiff 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65561 O=C(O)NNCCC1NCc2ccccc21 TargetDiff 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65562 COCC=C[C@H](Cc1ccccc1)SC TargetDiff 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65563 CCN(CCCC(C)(C)OC)C(=O)Cc1ccc(C)cc1 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65564 CC(=O)CNC(=O)C1CNC23C(C=CC=CN12)C1=CC(F)=C(C(F)(F)F)CN13 TargetDiff 6CDO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65565 Cc1ccc2cncnc2c1 TargetDiff 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

65551 to 65565 of 73725 items. Total 4915 pages.